糞便からの腸内細菌のゲノムDNA抽出と定量解析

図1 検量線の結果

 コピー数が既知の16S rRNA遺伝子をスタンダードとして検量線を作成します。スタンダードDNAは、総菌数、各属種に用意があり、特定の属種を絶対定量で算出します。

 

図2 糞便検体中の各属種の比率

 定量PCRによって、糞便検体中に含まれる特定の属種の割合を計算します。

 弊社で受託している腸内細菌のゲノムDNA抽出は、基本プロトコールでは、プロテアーゼで前処理と本処理の二回行う方式です。これにより、大抵の研究用途には耐えうる菌種が取得できると言われています。

 

 ただし、特別な菌種を解析するご希望のあるお客様については、ご要望のプロトコールに改変して対応することも可能です。

 

 抽出されたDNAは、次世代シーケンス解析、リアルタイムPCR解析、PCR-RFLP解析等にご利用可能です。

 

 弊社で、16S rRNA遺伝子をターゲットとしたリアルタイムPCR系を確立しています。検量線を用いた絶対定量が可能な菌種としては、総菌数、バクテロイデス属、クロストリジウム属、ビフィドバクテリウム属等がございます。

 

 

 

 

 

 

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